L'AFTAlp s'appuie notamment sur le Suaci Alpes du Nord (service montagne des Chambres d'Agriculture des Savoie et de l'Isère) dont la vocation est de définir le projet de l'agriculture alpine, c'est à- dire sa place et son rôle dans la perspective d'un développement durable des Alpes. Autre partenaire, le Groupement d'intérêt scientifique (G.I.S.) Alpes Jura, qui associe des professionnels alpins, des élus, des collectivités et des scientifiques pour travailler dans une démarche de recherche & développement de l'agriculture alpine.
le site du GIS Alpes Jura :

www.gisalpesjura.fr/

Des collaborations existent avec les Chambres d'Agriculture, les services départementaux de conseil en élevage et l'Institut technique du lait et des fromages (Actilait) pour accompagner les opérateurs dans l'amélioration et le suivi de la qualité. Enfin les opérations événementielles sont réalisées avec l'appui d'AGRIPROMO, association de promotion des produits agro-alimentaires de Savoie.
http://rhone-alpes.synagri.com/synagri/synagri.nsf
www.actilait.com